国内で生産された乾しいたけの多くは、市場に出荷され、入札されます。その途中、生産者団体が集荷する場合や、業者が集荷する場合があります。
市場は生産者等の出品者から委託を受け、主として入札によって販売します。
袋詰業者は、市場で原料となる乾しいたけを仕入れます。そして選別し、袋詰めします。袋詰めされた乾しいたけは、全国の小売業者や加工食品メーカー・外食等の業務ユーザーに販売されていきます。
大分県産の乾しいたけも、このような経路で販売されています。

このほか、生産者が直接袋詰業者に販売する場合や、袋詰業者間で卸売りする場合、袋詰業者が市場に出品する場合、袋詰業者が直接消費者に販売する場合など、さまざまな経路がありますが、いずれも規模は大きくありません。
なお輸入品は通常、市場を介さずに、袋詰業者に販売されます。

しいたけの生産方法には、原木栽培と菌床栽培があります。
トレーサビリティシステムの対象は大分県で原木栽培された乾しいたけ（以下「大分県産乾しいたけ」という）です。 大分県産乾しいたけは栽培から採取・乾燥・出荷までの一連の作業は基本的に生産者自身が行います。
出荷は、品種・大きさ・形状等によって選別の上「山箱（やまばこ）」といわれる大きめの段ボール箱で市場に出荷します。 山箱には、生産者の氏名（又は氏名を特定できる番号）と産地の表示が義務づけられています。

クヌギの木などを伐採し、切断した単木（原木「げんぼく」という）に種菌「たねこま」を植え付けてきのこを栽培する方法。

広葉樹のチップやおがくずをビニールの袋に詰めて固め、種菌を植え付けてきのこを栽培する方法。

きのこ類の２次菌糸の集合体。しいたけなどのきのこ栽培に使われる基になる菌のことで「たねこま」という。植物の苗に相当する。

クヌギなどの原木（げんぼく）に「たねこま」を植え付けたものを「ほだ木」という。

しいたけを発生させるための場所。スギ林などを利用する。

乾燥した乾しいたけを保管するための段ボール箱。

市場では、基本的に生産者が持ち込んだ山箱の単位で、１箱ずつ入札によって取引されます。落札した商社（その多くは袋詰業者）は、山箱ごと引き取ります。
大分県内の産地市場は、出品者の身元を確かめた上で受け入れています。また、生産者の氏名（または氏名を特定できる番号）と産地を表示した状態で入札販売し、落札者に対して生産者名・産地等の情報提供を行っています。

袋詰業者の工程は、「選別」と「袋詰め」に分かれます。
選別の工程では、色、形、大きさ等によって細かく選別されます。この工程のなかで、落札した複数の山箱がいったんまとめられた上で、「選別済みロット」に 分けられます。この選別済みロットを小分け・計量し、袋詰めすることにより、製品ができあがります。この製品の袋には、産地が表示されます。

こうして出来上がった製品は、卸売業者を通じて全国に販売されていきます。